肥胖症的病因尚未完全明了，有各种不同的病因，同一患者可有几种因素同时存在。其主要是由遗传因素和环境因素共同作用的结果。

　　遗传因素在肥胖的发病中占一定的主导地位，目前科学家已经发现约有24种孟德尔遗传病以肥胖作为其主要临床表现之一，其中常染色体显性遗传9种、阴性遗传10种、X性染色体遗传5种，例如Laurence-Moon-Biedl综合征和Prader-Willi综合征均有肥胖。近几年来，随着分子生物学技术进展，已发现6种单基因突变肥胖症，它们分别是瘦素基因（OB）、瘦素受体基因、鸦片-黑素-促皮质素原（PIMC）基因、激素原转换酶-1基因、黑皮素受体4基因和过氧化物酶体增殖物激活受体γ（PPAR-γ）基因突变肥胖症。

　　但在普通人群的肥胖症患者中，上述肥胖症只占少数，而以“节约基因”为主要遗传基础，是人类在漫长的进化过程中自然选择的结果。“节约基因型”学说认为，人类在进化、生存斗争中，逐渐形成“节约基因”，使人在食物不足的环境下，节约能量，以适应恶劣环境。当食物充足的时候，此基因继续起作用，过多的能量堆积使人肥胖，致胰岛素分泌缺陷和胰岛素抵抗，成为诱发糖尿病的潜在因素之一。