武夷茶区析重视茶树良种，一向注重选种，采取单株选种的方法。从武夷种茶树（当地习惯称菜茶）中，选出优良单株，以树为名，分株采制，通过反复评比，多年考验，才能获得品质优异的名丛。这种选种活动历史悠久，可追溯到宋代。清代郭柏苍在《闽产录异》（1886年前后）中记载：“铁罗汉、坠柳条，皆宋树，又仅一株，年产少许。”清代陆廷灿在《续茶经》中说：“武夷五曲朱文公书院内，有茶一株，叶有臭虫气，及焙制出时，香逾他树，名曰臭叶香茶。又老树数株，云文公手植，名曰宋树。”

通过单株选种选育出的制茶品质特别优异的单株茶树，当地称为单丛，亦称名丛，并有各自的花名，一树一名。这种有花名的单丛，在武夷山多达上千种。武夷山单丛花名的命名，饶有趣味。以神话传说命名者，有大红袍、白鸡冠、红孩儿、白牡丹等；以成品茶香型命名者，有肉桂、白瑞香、石乳香、夜来香、十里香等；以发芽迟早命名者，有不知春、迎春柳等；以叶形命名者，有瓜子金、金柳条、倒叶柳等；以生长环境命名者，有不见天、半天妖、吊金钟、过山龙等；还有金锁匙、醉海棠、钓金龟、水金龟、一枝春、人参果、正唐梅、宋玉书等等。

武夷山茶树名丛中最优异者，为大红袍、铁罗汉、白鸡冠、水金龟，号称武夷岩茶四大名丛，清代感丰年间（1851-1861年）已蜚声遐迩。

肉桂，原为武夷山慧苑岩的名丛，早些年已利用扦插繁殖推而广之，成为岩茶中后起之秀的高香品种。

武夷茶区除了就地选种外，还不断从外地引进茶树良种，如水仙、乌龙、梅占、奇兰、铁观音、桃仁、黄木炎、雪梨（佛手）、毛蟹等。