茶树幼根cDNA文库构建及其表达序列标签特性分析
日期:2013-08-01 浏览:117次 
茶树幼根cDNA文库构建及其表达序列标签特性分析

龙井43实生苗新生幼根为材料,应用pBluescript II XR cDNA Library Construction Kit,构建了我国第一个树幼根cDNA文库。测试结果表明原始文库的滴度为1.85×10^7pft/mL,重组率为85.7%,插入片段绝大多数分布在1.0-1.5kb左右。随机挑选5115个克隆进行序列测定,去除空载体和插入片段短于150bp的序列后,获得有效序列4833个,经过序列拼接后共获得3482条表达序列标签(expressed sequencetags,EST),包括901个contigs和2581个singletons。通过与NCBI等非冗余蛋白质数据库进行比对、查询和注释,获得已知功能基因或具推测功能的EST共1376个,代表943个树功能基因,421个EST为未知功能基因,1685个EST为新的表达基因。这些数据将为将为我们从分子水平上更好地了解、研究、调控树的生理代谢、生长发育和品质等提供极有价值的资源。完成机构:中国农业科学院叶研究所树资源与改良研究中心、国家树改良中心,杭州310008

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