日本在1993年就推出了有关有机农业生产的标准，并由地方自治体和农业协会等团体开展有机农业生产和消费活动，促进了有机农业的发展。目前，日本从事有机农业生产的农户占全国农户总数的30%以上，提供的有机农产品增加到130多种，其中有40多种出口到欧美国家。

日本《农林物资规格化和质量表示标准法规》（JAS）要求加强对有机农产品和食品的认证、标识管理，规定在日本市场上出售的有机农产品应带有认证标识，销售者（但餐饮业不受此限）对其出售的食品的原产地、化冻（或是生鲜）和养殖地都要明确标示出来。这项法规要求从 2001年4月1日起，豆腐、毛豆、玉米淀粉等30项基因改良食品必须予以明确标示，制造、加工、进口的加工食品都要执行新的商品明确标记制度，其标记的内容包括产品名称、制作原材料、包装内的容量、流通期限、保存方法、生产制造者名称（进口产品还要标明进口商的名称或个人姓名）及详细的地址。该法规定认证、标识管理要求适用于一切加工食品，日本产的要标明养殖区域或水域名称，进口的要标明原产国名和生产区域名称。