运用PAPD技术对云南主产茶区具有代表性的野生型古茶树、过渡型古茶树、栽培型品种、野生种、地方品种及其近缘植物——金花茶等48份材料进行遗传多样性分析，从核基因组PAPD的角度深入探讨了云南特有茶树种质资源的分类及其亲缘关系。用以筛选出的12个引物对48份供试材料进行PAPD扩增反应后，共检测到112条扩增片段，所有片段均为多态，其多态性程度高达100%。材料间的遗传距离为0.116～0.527，平均为0.202。对48份供试材料间的亲缘关系进行UPGMA聚类分析表明，当以欧氏距离为6.0来划分时，可分为5个组，其中3个复合组，2个独立组，基本上与传统分类水平相吻合。