这是指生物体在底质、围岩、填充物中留下的印模和复铸物。细分起来又有这样一些类型，一是印痕化石，二是印模化石，三是铸型化石，四是复型化石，究竟属于哪一种主要看化石与其围岩的关系。无硬体生物如水母类、绝大多数的蠕虫类及植物叶子等酌遗体在岩石层面上所留下的痕迹称为印痕化石。例如前寒武系地层中的埃迪卡拉动物群就是印痕化石。具硬体动物与植物的茎等遗体在岩石中所留下的痕迹称印模化石，又可分外印型和内印型，典型的就是双壳类。铸型化石实由先为外质包裹后内因蚀化形成空洞再由其它物质填充而形成。而如果双壳类呈闭合状保存其内部软组织腐烂经填充后形成的便是内核化石，其外钙质溶蚀后经填充则形成外核化石，由多种情况交织形成的则属于复型化石。

右图为典型的水母印痕化石。