“九一八”事变后，他积极投入抗日救亡运动，参加上海各界救国会，与沈钧儒、邹韬奋、沙千里等七君子有紧密联系。并曾营救在南京被捕的救国会重要成员孙晓邨、曹孟君。

　　1933年同陈翰笙、薛暮桥、钱俊瑞、孙冶方、王寅生等人组织了“中国农村经济研究会”，选陈翰笙为理事长，吴觉农为副理事长。日常工作负责人是薛暮桥。会内建立党的秘密小组，发行《中国农村》月刊。该刊发表了大量农村调查资料，并与各种歪曲中国农村情况的谬论进行论战，响应党的团结抗日的主张。当研究会受到迫害时，常由吴觉农以农学家的身份出面周旋。如1936年国民党上海市党部勒令《中国农村》停刊，他挺身而出向市党部书记长潘公展据理力争，使刊物得以恢复出版。该会一直坚持到新中国成立，完成历史任务后才宣布解散。

　　旧中国茶叶生产相对落后，栽培、制造粗放，为进一步了解产茶国和销茶国的生产和出口进口情况，1935年吴觉农去印度、锡兰（今斯里兰卡）、印尼、日本、英国、苏联等国进行考察，回国后写了《印度锡兰之茶业》、《荷印之茶业》等调查报告，对我国茶业复兴和开发起了很大影响。

　　抗战开始，吴觉农带领一批年轻的茶叶工作者，去三界茶埸准备一面辅助茶农搞生产，一面发动当地的游击战，但为环境所不容。这时他得到武汉贸易委员会邹秉文电邀,即带领一批茶人去武汉着手筹备对苏易货(以茶交换抗战^***)．双方达成协议．在香港与苏方交易．同时他在东南和西南各省茶区设立机构，实行茶叶统购统销．一度使我国出口茶叶得到恢复和发展．

　　为了适应形势，培养茶叶生产和贸易的专业人才，1940年在吴觉农的提议下，得到复旦大学的领导孙寒冰的支持，在重庆复旦创立了中国第一所高等院校的茶叶系，吴觉农自任系主任兼教授。授课的还有经济学家毕相辉，农业化学家王泽农等，培养出一大批茶叶专业技术人才，从此茶叶高等教育不断发展。建国后，安徽农大、浙江农大、四川农大、湖南农大、华南农大等院校均先后设立了茶叶系。

　　抗战中期，特别是太平洋战争爆发后，中国茶叶外销的通路被阻断，吴觉农为了茶叶事业的长远发展。1941年10月到福建成立了我国第一个茶叶研究所，他担任所长，邀请了许多专家、学者，如蒋云生、叶元鼎、朱刚夫、王泽农、叶作舟等展开茶树栽培、机械制造、茶叶化学分析及茶叶贸易史等项研究。为了防止因外贸中断，茶叶无人采摘，以至茶树老化，于是发动茶树更新运动，由^***向农民发放更新贷款。

　　抗战胜利后，茶叶研究所得到却是一张撤消令，吴觉农携家回到上海，^***大员忙于“劫收”，对茶叶毫不重视。吴觉农受孙晓村邀请担任兴华茶叶公司总经理，孙任副总经理。因国民党外汇政策不合理，公司经营失败。吴觉农夫妇又在上海和冯和法经营之江机械制茶公司，翻译出版了《茶叶全书》。这一时期他的主要精力都集中在^***活动上。

　　皖南事变前后，国民党^***派加紧反共，1941年吴觉农参加了王昆仑、王炳南、许宝驹、阳翰笙、屈武等人发起的“中国^***^***同盟”这一非公开的组织，由周恩来同志直接领导和关注，对团结和影响国民党军政界上层人士联合抗日起了积极作用。抗战胜利后，吴觉农是该同盟的主要负责人之一。1946年^***发动全面内战，^***谈判代表团撤回延安前，周恩来召集王昆仑、金仲华、闵刚侯、吴觉农指示该同盟工作。上海解放前吴觉农还做了以下几方面工作：推动上海科协团结科技人员；掩护党在上海的经济、文化组织，合众贸易公司、国际经济新闻社；营救被捕的张锡昌、陈四维等中^***员和进步人士；联络马寅初、梁希、竺可桢、茅以升等知名人士免遭国民党挟劫；策动国民党京沪卫戍司令汤恩伯起义（未成功）。

　　1949年吴觉农参加了第一届全国政协会议和开国大典。建国后他任农业部副部长兼中国茶叶公司总经理。在农业部任职期间，他经常深入基层，做了大量的调查工作。1949年由农业部吴觉农与贸易部副部长姚依林商定成立中国茶叶进出口公司。这是建国后国家设立的第一个进出口公司，他兼任总经理，商订了生产和国内外销售的通盘规划，并建立了各省的分支机构，逐步实施。他还积极推动茶叶生产、制茶合作化；大力开辟新式茶园，改造老茶园；实行机械化制茶；创办国营精制茶厂；提倡在西南茶区大规模发展优质红茶，为国家创汇。

　　建国初期，吴觉农主要做了以下工作：1951年吴觉农参加中国人民第二界赴朝慰问团，任中央分团团长，去朝鲜前线慰问志愿军指战员。1951年与冀朝鼎去丹麦哥本哈根参加国际经济会议筹备会。同年与郭沫若、茅盾、萧三、吴耀宗等人去维也纳出席保卫世界和平大会。1955年与茅以升、陈翰伯、范若愚等人参加中国科普代表团访问苏联。1956年3月参加由陈毅率领的中央代表团出席4月22日在拉萨举行的西藏自治区筹委会成立大会，任分团团长，代表各^***党派在自治区筹备大会上发言。任全国政协付秘书长时期，他先后负责科技、文史组、政协会刊等方面工作。